25 марта 1944 года Совет народных комиссаров РСФСР утвердил решение бюро Башкирского областного комитета ВКП(б) об открытии при Уфимской средней школе №9 интерната с полным пансионом на 200 мест для детей коренной национальности. 1 сентября этого же года интернат принимает первых 47 учеников. Учебный корпус школы находится по адресу ул. Зенцова, 49, а интернат размещается в здании библиотеки №5 по адресу ул. Лесопильная, 34. Так начинается история легендарного учебного заведения, ставшего вторым домом для более 12000 выпускников.
Вернувшийся с войны первый директор Фахри Фатихович Султанов и педагогический коллектив вложили много сил для обучения башкирских детей грамотности. В конце 1940-х годов в жизни школы происходят большие изменения: проводится ремонт помещений, создается актовый зал. Организовываются кружки по интересам, проводятся литературные вечера, конференции читателей. Улучшения были и в хозяйстве интерната: учебному заведению передана лошадь, на которой ученики возили продукты и воду. Заготовка дров, растопка печи, приготовление пищи и многое другое осуществлялось руками самих воспитанников.
1950-е годы отмечены в истории школы-интерната как годы развития учебно-воспитательного учреждения нового типа. Основное внимание уделяется повышению качества обучения, внедряется углубленное изучение отдельных предметов. Учащиеся готовятся к поступлению в высшие учебные заведения Уфы, Москвы, Ленинграда, Омска, Одессы, Горького и др. В этот период создаются и оснащаются учебные кабинеты, которые обеспечиваются учебниками, наглядными материалами и т.д. Отдельное внимание уделяется трудовому воспитанию: старшеклассники привлекались к работе на стройплощадке, проходили производственную практику на заводах и фабриках. Юноши в мастерских ремонтировали мебель, выполняли токарные, слесарные работы, девушки шили платья, халаты. На 7 гектарах земли дети выращивали картофель, другие овощи.
В 1960 году республиканская школа-интернат №1 переезжает по адресу ул. Российская, 88. Комплекс состоит из 3-хэтажного учебного корпуса, двух общежитий, столовой. В эти годы укрепляется материально-техническая база школы. Коллективу удается поднять учебно-педагогическую деятельность на более высокий уровень. Создается методический совет. Большое внимание уделяется физико-математическому направлению, устанавливается тесная связь с Уфимским авиационным институтом им. С. Орджоникидзе. Растет поступаемость выпускников в вузы.
В 1970-х годах усиливается внимание к вопросам питания, оснащения детей одеждой. Укрепляется дисциплина и порядок в школе, улучшаются условия проживания в общежитиях. Территория интерната утопает в зелени, цветах. Между классами организовано социалистическое соревнование. Налаживается работа комсомольской организации. Работают кружки художественной самодеятельности педагогов и учащихся, ансамбли танца и кураистов, хор педколлектива. 7 ноября 1977 года открывается этнографический музей школы. В 1977 году слава учебного заведения прогремела на всю страну – школа стала участником Выставки достижений народного хозяйства СССР и была награждена бронзовой медалью.
В 1980-х годах много сил вкладывается в укрепление материально-технической базы. Во всех корпусах проходит капитальный ремонт, построены спортивный и хозяйственный корпуса, теплица, приобретены автобус КАВЗ-685, автомобиль ГАЗ-52. Создается телевизионный центр и радиоузел. Открывается картинная галерея художников Башкортостана. К учебной работе привлекаются преподаватели БГУ, БГПИ, УАИ. Работает заочная математическая школа для 4-8-х классов. Созданы кабинеты-музеи Народных поэтов Башкортостана Рашита Нигмати, Рами Гарипова, Мустая Карима. Учреждена премия имени Рами Гарипова.
Летом 1991 года решением Совета Министров Башкортостана и коллегии Министерства народного образования республиканская школа-интернат №1 была преобразована в Башкирскую республиканскую гимназию-интернат №1. А с 1994 года гимназия-интернат носит имя своего видного выпускника Рами Гарипова. Подписаны договоры о сотрудничестве с БГУ, БГАУ, БГМИ, действует экспериментальная программа «Гимназия-вуз». В 1990-х годах реконструированы общежития, дети стали проживать в комнатах по 3-4 человека, в каждой имелся душ, санузел.
В 2005 году сдается в эксплуатацию новый 4-хэтажный учебный корпус, построенный с учетом современных требований. Обновляются корпуса общежитий. В 2006 году гимназия-интернат становится победителем и получает грант Всероссийского конкурса общеобразовательных учреждений, активно внедряющих инновационные образовательные программы. В 2014 году гимназия-интернат – победитель в номинации «Лучшая гимназия-интернат» конкурса «100 лучших школ России», призер II Республиканского форума «Электронная школа», в 2014, 2015 годах – победитель II и III Слета инновационных учреждений с родным языком обучения. С 2015 года гимназия-интернат состоит в проекте «Ассоциированные школы ЮНЕСКО». В этом же году гимназия-интернат вошла в ТОП-100 школ России, обеспечивающих высокий уровень подготовки выпускников по химико-биологическому профилю, также вошла в число победителей ФЦПРО на 2016-2020 годы по направлению «Инициативный инновационный проект» и стала обладателем гранта.